Sources de données
Les recommandations et lignes directrices sur le partage des données dans le contexte de la COVID-19 (en anglais seulement) de la Research Data Alliance (RDA) contiennent des renseignements sur diverses banques et sources de données dont les chercheurs en santé canadiens peuvent se servir pour stocker leurs propres ensembles de données ou consulter les ensembles de données publics relatifs à la COVID-19. Le présent document dresse la liste des sources de données existantes dans les domaines de spécialités suivants :
Données cliniques
Bases de données d’études cliniques financées par le secteur public ou privé
Les bases de données et les registres suivants fournissent des renseignements sur les essais cliniques enregistrés. Certaines plateformes recensent uniquement les essais cliniques liés à la COVID-19.
- Système d’enregistrement international des essais cliniques (ICTRP) de l’OMS
- Registre d’essais cliniques de la National Library of Medicine des États-Unis, ClinicalTrials.gov (en anglais seulement)
- Registre d’essais cliniques de l’Union européenne (en anglais seulement)
- Outil de suivi des essais cliniques sur la COVID-19 de Cytel (en anglais seulement)
- Outil de suivi des essais cliniques sur les traitements contre la COVID-19 de Cell Trials Data (en anglais seulement)
- Outil de suivi des essais cliniques sur la COVID-19 TrialsTracker (en anglais seulement)
- Registre d’essais cliniques sur le coronavirus de TrialScope (en anglais seulement)
- Registre central d’essais contrôlés de Cochrane (CENTRAL) (en anglais seulement)
- Synthèse des registres d’essais sur la COVID-19 de l’European Clinical Research Infrastructure Network (en anglais seulement)
- Registre d’essais sur la COVID-19 du National Institute for Health Research (en anglais seulement)
- Registre d’essais cliniques sur la COVID-19 de l’Agence italienne du médicament (en italien seulement)
Données sur les soins de santé et données cliniques
Les bases de données et plateformes suivantes contiennent d’autres ensembles de données sur les soins et de données cliniques pertinentes :
- Consortium pour la caractérisation clinique de la COVID-19 d’EHR (4CE) – Fondation tranSMART (en anglais seulement)
- Outil de surveillance de l’intervention par le système de santé (en anglais seulement)
- Ressources en recherche clinique sur la COVID-19 de l’ISARIC (en anglais seulement)
- Tableau de bord sur la pandémie de COVID-19 de l’ECDC (en anglais seulement)
- Base de données et ressource d’analyse sur les épitopes immunitaires (en anglais seulement)
- Données partagées ImmPort (en anglais seulement)
- ImmuneSpace (en anglais seulement)
Données « omiques »
ADN génomique du virus
Les données brutes sur le séquençage du virus peuvent être stockées dans l’une des archives de l’Internationale Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) ou en être extraites :
- Sequence Read Archive (SRA) de la DNA Data Bank of Japan (DDBJ (en anglais seulement))
- ENA (European Nucleotide Archive de l’EMBL-EBI) (en anglais seulement)
- SRA du NCBI (en anglais seulement)
Les génomes assemblés et annotés peuvent être stockés dans l’une des archives suivantes ou en être extraits :
- GenBank du NCBI (en anglais seulement), accessible par l’intermédiaire de NCBI Virus (en anglais seulement)
- Séquences annotées/assemblées de la DDBJ (en anglais seulement)
- ENA (en anglais seulement)
- NCBI Virus (en anglais seulement)
ADN génomique de l’hôte
Les données d’expression génétique peuvent être stockées dans l’un des répertoires suivants ou en être extraites.
Transcriptomes humains (autorisation d’accès requise)
- dbGaP (base de données sur les génotypes et phénotypes; en anglais seulement)
- EGA (archives européennes génomes-phénomes; en anglais seulement)
- JGA (archives japonaises sur les génotypes et phénotypes; en anglais et en japonais seulement)
Transcriptomes issus de lignées cellulaires ou d’animaux
- ArrayExpress (en anglais seulement)
- Gene Expression Omnibus (en anglais seulement)
- Archives des expressions de génomes (en anglais seulement)
- DRA (Sequence Read Archive de la DDBJ; en anglais et en japonais seulement)
- ENA (archives européennes sur les nucléotides; en anglais seulement)
- Sequence Read Archive (SRA) du NCBI (en anglais seulement)
Données d’expression issues de puces à ADN
- ArrayExpress (en anglais seulement)
- Gene Expression Omnibus (en anglais seulement)
- GEA (archives d’expressions de génomes; en anglais et en japonais seulement)
- Les données sur les échantillons d’origine sont automatiquement déposées dans les bases de données correspondantes et peuvent en être extraites :
Études d’association à l’échelle du génome (EAEG)
- Catalogue d’EAEG (en anglais seulement)
- EGA (en anglais seulement)
- Répertoire d’EAEG (en anglais seulement)
Données de séquençage du répertoire de récepteurs immuns adaptatif (AIRR-seq)
- Répertoires des données AIRR-seq faisant partie des banques de données partagées de l’AIRR (en anglais seulement) (p. ex. iReceptor Public Archive (en anglais seulement) ou VDJServer (en anglais seulement))
Données structurelles
Des données sur les structures des protéines peuvent être stockées dans les répertoires suivants ou en être extraites :
- wwPDB (banque de données mondiale sur les protéines; en anglais seulement)
- Europe : PDBe et EMDB (banque de données issues de la microscopie électronique) de l’Institut européen de bio-informatique [en anglais seulement]
- États-Unis : RCSB PDB (en anglais seulement)
- Japon : PDBj (anglais, japonais, chinois traditionnel, chinois simplifié et coréen)
Découvertes de médicaments et de traitements
Des données sur les nouveaux médicaments et traitements peuvent être stockées dans les répertoires suivants ou en être extraites :
- Portail de partage d’information du Global Health Drug Discovery Institute of China (GHDDI) (en anglais seulement)
- Chimiothèque ReFRAME (en anglais seulement)
- Système infonuagique des découvertes de médicaments sur Alibaba Cloud (en anglais seulement)
- Répertoire sur les structures moléculaires et les traitements de la COVID-19 (en anglais seulement)
Données de protéomique
Des données de protéomique peuvent être stockées sur les plateformes suivantes ou en être extraites.
Analyses simultanées :
- PRIDE (en anglais seulement)
- MassIVE (en anglais seulement)
- jPOST (répertoire des normes en protéomique du Japon; en anglais seulement)
- iProX (centre de ressources intégrées sur les protéomes; en anglais seulement)
Analyses ciblées :
Résultats repris :
Données de métabolomique
Des données de métabolomique peuvent être stockées sur les plateformes suivantes ou en être extraites :
- MetaboLights (Europe; en anglais seulement)
- Metabolomics Workbench (États-Unis; en anglais seulement)
- Massbank (Japon; en anglais seulement)
Données de lipidomique
Des données sur la peuvent être stockées sur les plateformes suivantes ou en être extraites :
Données épidémiologiques
Sources de données populationnelles
- Ensemble de données de recherche libre d’accès sur la COVID-19 (CORD-19) de l’Allen Institute for AI [en anglais seulement]
- Rapports sur les tendances de mobilité en période de COVID-19 d’Apple
- Distribution géographique des cas de COVID-19 dans le monde – Centre européen de prévention et de contrôle des maladies [en anglais seulement]
- Système européen de surveillance (TESSy) du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies [en anglais seulement]
- Catalogue de données sur la santé mondiale GHDx de l’Institute for Health Metrics and Evaluation (IHME) [en anglais seulement]
- Ensemble de données sur la COVID-19 de l’Université Johns Hopkins [en anglais seulement]
- Ensemble de données sur la COVID-19 de l’Université d’Oxford [en anglais seulement]
- Projet de suivi de la COVID-19 du journal The Atlantic [en anglais seulement]
- Données sur la COVID-19 aux États-Unis du New York Times [en anglais seulement]
- Défi CORD-19 (ensembles de données de recherche en libre accès sur la COVID-19) de la Maison-Blanche [en anglais seulement]
- Cas de COVID-19 aux États Unis – Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis [en anglais seulement]
- Préparation à une épidémie – Université de Washington [en anglais seulement]
- Comprendre la pandémie de COVID-19 (coronavirus) grâce aux données – Banque mondiale [en anglais seulement]
- Rapports sur la crise du nouveau coronavirus (2019-nCoV) – Organisation mondiale de la Santé (OMS) [en anglais seulement]
- Données sur la COVID-19 – Worldometer [en anglais seulement]
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