Les eaux usées, un enjeu d’avenir pour la santé publique
Un système de surveillance des eaux usées créé au Canada est l’un des tout premiers à anticiper les éclosions de maladies et à fournir des données fiables et accessibles pour éclairer les décisions de santé publique et celles de la population.

Il existe actuellement près de 5 000 sites de recherche sur la surveillance des eaux usées, répartis dans 72 pays. Avant 2020, rares étaient les personnes qui avaient conscience de la quantité d’informations qu’elles pouvaient renfermer sur notre santé.

Le Dr Robert Delatolla était l’une d’entre elles. Professeur de génie civil à l’Université d’Ottawa et titulaire d’une Chaire de recherche appliquée en santé publique, sous le domaine prioritaire Environnement, changement climatique et « Une seule santé », il a très tôt compris que les pathogènes que nous excrétons lorsque nous évacuons nos selles, prenons une douche ou nous brossons les dents pouvaient offrir des indications sur la santé de toute une population.

Trois fois par semaine, l’équipe de son laboratoire de surveillance des eaux usées (en anglais seulement) prélève des échantillons au Centre environnemental Robert-O.-Pickard, l’usine de traitement des eaux usées d’Ottawa, puis les soumet à des analyses afin de repérer la présence de virus comme l’influenza, le SARS-CoV-2, le virus respiratoire syncytial, mais aussi la variole simienne et des maladies liées au changement climatique, comme le virus du Nil occidental ou l’encéphalite équine de l’Est.

« L’analyse de chaque échantillon nous permet de dresser un portrait de la santé d’environ un million d’habitants d’Ottawa, puis de tirer parti de la technologie pour mesurer le niveau de bien-être de la population et contribuer à protéger les plus vulnérables », explique le Dr Delatolla.

Ingénieur en environnement, le Dr Delatolla cherchait à l’origine à éliminer des eaux usées certains polluants particulièrement nocifs. Munie d’outils de microbiologie capables de révéler la présence de pathogènes comme les virus, son équipe a tourné son attention vers une nouvelle urgence sanitaire lorsque la COVID-19 a été déclarée pandémie.

Le laboratoire du Dr Delatolla a été le premier au Canada et l’un des tout premiers dans le monde à surveiller la présence du SARS-CoV-2 dans les eaux usées et à annoncer publiquement les résultats de ses analyses, jouant un rôle déterminant dans la mise sur pied de l’Initiative de surveillance des eaux usées de l’Ontario, qui a vu le jour en 2020 et a pris fin en 2024. Appuyé par les IRSC, le CRSNG et Génome Canada, il demeure un chef de file dans la surveillance des eaux usées et de l’environnement.

Le Dr Delatolla confie qu’au plus fort de la pandémie, les informations collectées par l’équipe se sont révélées cruciales : « Santé publique Ottawa a directement intégré nos données sur les eaux usées à leur outil de surveillance des virus respiratoires et s’y est fié pour offrir des orientations aux organisations de soins de santé quant aux mesures de protection à adopter, comme le port du masque dans les hôpitaux ».

L’accès à des données sur les eaux usées a aussi eu une importance vitale pour les personnes immunodéprimées comme Michelle Burleigh, coprésidente du Réseau canadien de défense des personnes immunodéprimées (en anglais seulement), qui venait de terminer son traitement contre la leucémie promyélocytaire aiguë lorsque la pandémie a frappé. « Nous avions organisé une fête en guise de célébration, et mon mari avait acheté un gâteau sur lequel était écrit “Le premier jour du reste de ta vie commence maintenant” », se souvient-elle. À peine quelques semaines plus tard, elle était de nouveau confinée.

L’assouplissement des mesures sanitaires et la diminution du dépistage de la COVID-19 au sein de la population ont contraint Michelle à dépendre des données sur les eaux usées pour protéger sa santé au quotidien. Elle garde en mémoire que « les données de surveillance des eaux usées nous aidaient à déterminer s’il était risqué de prendre un café à une terrasse au printemps ».

La Dre Lana Silbernagel, psychiatre à Ottawa, a observé des tendances semblables chez ses patients, nombreux à modifier leur comportement lorsque les données de surveillance des eaux usées indiquaient un nombre dangereusement élevé de cas de COVID-19 au sein de la population. Un patient qui prenait soin d’un membre âgé de sa famille lui racontait que les données de surveillance des eaux usées l’aidaient à communiquer de façon proactive avec l’équipe de soins de sa grand-mère lorsque des précautions supplémentaires, comme des visites restreintes ou le port de masques offrant un niveau de protection élevé, s’imposaient pour réduire son risque d’exposition au virus.

La recherche du Dr Delatolla sur la surveillance des eaux usées demeure à ce jour un outil important pour les personnes immunodéprimées, chez qui les maladies ont des conséquences disproportionnées par rapport au reste de la population. « Même si la phase critique de la pandémie est derrière nous, le risque de tomber gravement malade, de nécessiter une hospitalisation, voire de mourir persiste », rappelle Michelle. La Dre Silbernagel abonde en son sens, estimant que « la surveillance continue des eaux usées à Ottawa permet d’aider les patients à prendre des décisions éclairées pendant les périodes de circulation accrue des virus ».

Le Dr Delatolla poursuit sa collaboration avec des organisations comme Santé publique Ottawa pour s’assurer que la population dispose de données accessibles et exploitables, soulignant que son « principal objectif est de promouvoir l’équité en santé ». Pour la Dre Silbernagel, cet objectif est déjà une réalité : « L’outil est un moteur de l’équité en santé et profite à de nombreuses personnes vulnérables que je soutiens à Ottawa ».

La portée du travail mené par le Dr Delatolla s’étend bien au-delà des confins d’Ottawa. Son équipe a en effet formé des professionnels de la santé dans six pays d’Afrique de l’Est afin de les aider à élaborer des programmes de surveillance des eaux usées qui concordent avec leurs priorités de santé.

Au Canada, elle travaille en partenariat avec des communautés autochtones au développement d’outils de surveillance des eaux usées qui répondent à leurs principaux besoins et leur permettent de conserver la propriété des données collectées. Enfin, grâce à un nouveau financement octroyé par les IRSC, le Dr Delatolla et les communautés innues de Sheshatshiu et de Mushuau œuvrent actuellement à la mise en place de systèmes de surveillance des eaux usées dans le Labrador.

À l’avenir, la surveillance des eaux usées pourrait devenir un outil de santé publique vital dans la lutte contre le changement climatique, comme le fait remarquer le Dr Delatolla : « La hausse des températures induit un risque accru de voir apparaître de nouveaux pathogènes au Canada. Dans ce contexte, la surveillance des eaux usées pourrait constituer un moyen de déceler les signes précurseurs de l’éclosion de maladies. »

Pour Michelle, l’outil facilite aussi sa préparation à long terme. Selon elle, « les données de surveillance des eaux usées nous permettent de prendre des mesures adaptées pour anticiper de futures pandémies ».

En bref

L’enjeu

Si la pandémie de COVID-19 est en grande partie terminée, les virus ont des conséquences disproportionnées sur les personnes immunodéprimées, en particulier pendant les périodes de circulation accrue.

La recherche

Le laboratoire de surveillance des eaux usées du Dr Delatolla parvient à anticiper les éclosions de maladies et fournit des données fiables et accessibles pour orienter les décisions de santé publique. Les tests menés par l’équipe du Dr Delatolla à Ottawa et dans des régions nordiques aident également la population à prendre des décisions de santé éclairées.